La Copa Colombia 2025 se jugará con un nuevo formato:
*Fase 1: 4 grupos de 5 equipos (Estarán los 8 que no estén en la fase final de Torneo + los 12 que no estén en la fase final de Liga en 2025-I), clasifican los 2 mejores
*Fase 2: Se enfrentan los 16 equipos de fases finales de Liga y Torneo 2025-I (Ida y vuelta)
*Octavos de Final entre los 8 clasificados de Fase 1 y los 8 de Fase 2 (ida y vuelta)
*Cuartos, semifinal y final (ida y vuelta)